Harmonický oscilátor je velmi důležitý pojem nejen pro teoretickou fyziku a mechaniku, ale i pro další obory fyziky. Pomocí harmonického kmitání lze totiž modelovat řadu fyzikálních jevů, protože pohyb harmonického oscilátoru je jednoduchý, je popsán relativně jednoduchými rovnicemi a přitom jej lze použít k velmi přesnému modelování složitějších fyzikálních jevů a dějů (přenos tepla, vysvětlení měrné tepelné kapacity látek, odvození vlnové rovnice, kmity atomů resp. částic popisovaných v rámci kvantové fyziky, …).
Chceme-li napsat Hamiltonovy kanonické rovnice popisující harmonický oscilátor, je nutné nejdříve napsat jeho lagrangián. Ten má tvar a z něj vyplývající kanonická hybnost je dána vztahem . Pro výpočet hamiltoniánu je nezbytné vyjádřit všechny zobecněné rychlosti pomocí kanonických hybností, proto si připravíme vyjádření . Hamiltonián můžeme psát na základě jeho definice (173) ve tvaru . Výraz má jednotku a tedy platí alternativní vyjádření . Hamiltonián je tedy roven a vyjadřuje celkovou mechanickou energii systému.
Vztah neplatí obecně, ale pouze tehdy, nezávisí-li hamiltonián explicitně na čase. A tato podmínka je splněna ve většině vyšetřovaných případů.
Nyní můžeme napsat Hamiltonovy rovnice pro harmonický oscilátor tak, že dosadíme do vztahů (174). Dostaneme tedy a . Máme tedy dvě lineární rovnice a . Zderivujeme-li první z nich podle času, dostaneme: a dosadíme do ní z druhé Hamiltonovy rovnice. Získáme tedy rovnici a po úpravě , což je známá rovnice popisující pohyb harmonického oscilátoru. Její řešení lze psát ve tvaru , kde A je amplituda výchylky, je úhlová frekvence kmitání harmonického oscilátoru a je počáteční fáze kmitání.