Evropské univerzity měly navzájem podobnou organizační strukturu a řečeno dnešními slovy také jednotný učební plán. Většinou byly tvořeny čtyřmi fakultami, které měly různé postavení:
1. teologická fakulta;
2. právnická fakulta;
3. lékařská fakulta - zde se vyučovala také botanika a některé znalosti chemie;
4. filozofická fakulta - známá též jako artistická fakulta nebo fakulta sedmi svobodných umění. Byla přípravou pro studium na dalších fakultách, ale řada studentů vystudovala pouze tuto fakultu (většinou z hmotných a finančních důvodů). Studentům přinášela dobrou znalost latiny, logické argumentace a řečnického umění, ale také základní matematické znalosti a přírodovědné znalosti.
Mezi sedm svobodných umění vyučovaných na filozofické fakultě patřilo:
1. trivium (trojcestí) - gramatika, rétorika a dialektika (tj. logika);
2. kvadrivium (čtyřcestní) - aritmetika, geometrie, astronomie a musika (tj. nauka o hudební harmonii).
Názvy trivium a kvadrivium zavedl italský učenec Boëthius, který se také snažil o sepsání použitelných učebních textů k jejich studiu.
Výše uvedených sedm svobodných umění tvořilo světský základ univerzitního vzdělání ve středověké Evropě a svými kořeny vycházelo z děl a myšlenek starověkých učenců a východních učenců. Přestože jejich studium bylo formálně podřízeno teologii, bylo vnímáno odlišně - jako oblast rozumu, který se na rozdíl od víry může mýlit.
Jeroným Pražský v roce 1409 přirovnává svobodná umění k sedmi spanilým pannám, které má mladý student obejmout a jejichž královskou matkou je filozofie.
Ne všechny Evropské univerzity ale byly kompletní; některé z nich neměly všechny čtyři fakulty. Např. i pražská univerzita, která byla uspořádaná podle boloňského a pařížského vzoru se čtyřmi fakultami, byla po husitských válkách oslabena a až do 17. století na ní byla pouze filozofická fakulta. Jiné evropské univerzity se zaměřovaly jen na určité obory, ve kterých pak vynikaly:
1. lékařská škola v italském Salernu založená v roce 1150;
2. právnická univerzita v Bologni (od roku 1158);
3. teologicky zaměřená univerzita v Paříži (založená v roce 1150) s kolejí Sorbona založenou v roce 1253, na níž mohli studovat i osoby jiného než duchovního stavu.
Mezi další univerzity patří univerzita v Oxfordu v Anglii, která se začíná formovat už od roku 1167 (zakládací listina z roku 1214) a z níž v roce 1209 odchází část studentů a profesorů na univerzitu do Cambridge (zakládací listina z roku 1226). Až v roce 1348 zakládá Karel IV. v Praze první univerzitu na sever od Alp a na východ od Rýna.
Data založení nejstarších univerzit jsou nejistá. Často totiž nejsou dochovány zakládací listiny, navíc se rok jejich vydání může lišit od roku skutečného zahájení výuky. Dalším faktorem znemožňující přesné datování vzniku univerzit je jejich opakované rušení a znovuobnovování.